Trente-six ans après que des fleurs parasites, les jinka, ont brusquement envahi Tokyo et contaminé les êtres humains, deux orphelins, Kingo et Kayano, tentent de survivre dans la capitale nippone, devenue un enfer végétal. Leur quotidien bascule lorsque les membres de la Force funéraire florale découvrent que Kayano est porteuse d'un jinka, qu'ils ont pour mission d'éliminer.
